1、马德里一份申请可指定在多个国家申请，如果不遇上逐一国家审查意见或初审驳回或异议，程序比逐一国家商标注册要简洁，采用马德里商标国际注册就可以节省一定费用；但是如果遇到临时驳回等情况还是必须按照单国的程序，要另外支付相应费用，可能花费更多。

2、马德里国际注册不能进行查询，如果在后期实质审查中由于近似或相同商标在有些国家被驳回，已交注册费不会退；逐一国家商标注册一般都可进行在先近似查询，减少驳回几率。 

3、马德里国际注册要求与国内基础注册一致，而我国商标审查准则与某些国家的审查准则有差异，且马德里国际注册不能进行事先查询，所以通过马德里申请遇到的答复审查意见和答复驳回的几率要比逐一国家的方式申请注册高；而通过逐一国家申请注册的方式可以由我公司的各国合作机构的律师在申请前进行在先的判断和把关，尽可能提前排除商标申请过程中的障碍，减少以后遇到官方审查意见和驳回的几率，为客户节省时间和费用。

4、马德里国际注册必须基于一定的国内基础注册；逐一国家商标注册一般没有限制。

5、马德里国际注册仅有一份国际局核发的国际注册证明而没有直接证明商标权利的注册证（绝大多数成员国不会单独核发商标注册证）；逐一国家的商标注册完成后都会核发注册证直观地表明在各国的商标权利。而马德里注册如需要在各成员国的注册证，须委托当地的律师事务所办理，费用不菲。

6、马德里注册效力具有不稳定性（中心打击原则）。国际注册五年后才能与原属国（国内）注册脱钩，一旦原属国（国内）注册在五年内被撤销，国际注册也将被撤销。所以，现在除了7个纯协定书成员国外，只要在我国拿到受理通知就可以指定其他的80多国家，一方面降低了申请门槛，另一方面也增加了注册的风险。